"Ex-ample" of Online Services

Wednesday, October 7, 2009

zotero, la première fois; installer zotero; lien avec Web Of Science

Zotero est une extension destinée au navigateur Mozilla Firefox qui propose un système de gestion bibliographique (collecte, gestion, export de références).

Zotero fonctionne dans votre navigateur Internet Firefox, qui doit être ouvert pour que vous puissiez accéder à vos bibliothèques de références. Vous n'avez pas besoin d’être en ligne, pour utiliser Zotero. Les fonctions telles que les notes, la recherche et l'organisation fonctionneront parfaitement bien hors ligne. Bien évidemment, vous ne serez pas en mesure de consulter les articles en ligne de votre collection ou d'acquérir d'autres documents en ligne.

Le seul besoin est Firefox 3.0 pour Windows, Mac, ou Linux et de télécharger puis installer zotero (www.zotero.org).

Pour installer zotero: télécharger sur (www.zotero.org) puis cliquer sur le fichier téléchargé (prenez la 2.0 dès octobre 2009), il s'installe. Puis redémarrer firefox puis aller dans le menu outils /modules complémentaires puis cliquez sur activer et redémarrer. Zotero affiche une fenêtre cliquez OK. Vous avez un joli "zotero" en bas à droite. Cliquez dessus.

La fenêtre Zotero contient l'intégralité de votre collection: les références bibliographiques et l'ensemble des documents et fichiers, notes, et autres éléments tels qu’images et captures de pages Internet.

http://www.zotero.org/support/fr/quick_start_guide

Intégrée au navigateur, cette extension repose sur un système de translators qui, associés à différents sites web, permettent d'extraire les métadonnées des pages consultées comme pubmed. Ces translators sont surtout disponibles pour des catalogues de bibliothèque, mais on en trouve aussi pour des librairies en ligne, Wikipédia ou Flickr.

Pour tester et faire sa première banque de données bibliographiques, aller sur pubmed puis lancer une recherche.

Un petit symbol apparait dans la barre en haut à droite (barre http:// de firefox), cliquez dessus et c'est magique: vos références sont incorporées dans votre banque!

C'est du "just one clic".

--------english:

Zotero is, at the most basic level, a citation manager. It is designed to store, manage, and cite bibliographic references, such as books and articles. In Zotero, each of these references constitutes an item.

Every item contains different metadata, depending on what type it is. Items can be everything from books, articles, and documents to web pages, artwork, films, sound recordings, bills, cases, or statutes, among many others.

Try the following video:

http://www.zotero.org/static/videos/zotero_1_5_cast.flv

------

L'indexation des pdf nécessite deux autres outils: pdf2text pdfinfo...

Zotero vous les installe automatiquement:

aller dans le menu de zotero en cliquant sur le symbole d'une roue engrenage puis préférence puis recherche et cliquez sur installer.

Sinon en mode manuel:

sur PC: http://www.foolabs.com/xpdf/download.html

sur mac: http://users.phg-online.de/tk/MOSXS/

http://users.phg-online.de/tk/MOSXS/xpdf-tools-3.dmg

{Xpdf is an open source viewer for Portable Document Format (PDF) files. Xpdf should work on pretty much any system which runs X11 and has Unix-like (POSIX) libraries. You'll need ANSI C++ and C compilers to compile it.}

Il contient ausi 2 fichiers pour extraire une ou des images d'un pdf

(aussi dans http://users.phg-online.de/tk/MOSXS/Extract_Images_From_PDF.dmg).

Extract_Images_From_PDF.dmg

A simple Droplet including source combining the capabilities of XPDF' "pdfimages" tool, "convert" from ImageMagick and "sips" from MacOS X 10.3. It creates for each PDF dragged onto the application a single folder containing all placed images as PNG including a Macintosh thumbnail.

Très utile!!!!!!!!!!

-------------------

pour ceux qui utilisent Web Of Science

sauvegarder au format bibtex sous web of science cela fait un fichier txt;

puis l'importer dans zotero.

-------------------

http://wiki-urfist.unice.fr/wiki_urfist/index.php/Mémoriser/Zotero

Zotero va analyser le code source de la page HTML que vous lisez avec votre navigateur à la recherche de métadonnées standardisées de type Dublin Core ou des métadonnées spécifiques à un entrepôt d'information (Base de Données, Archive Ouvertes, Catalogues, ...) pour lesquelles Zotero possède un filtre (Cf. fig A et B.)

Zotero affiche alors dans la barre d'URL une icône en fonction du type de documents ou de sources (plusieurs types : références bibliographiques multiples, référence unique, page web, vidéo, image, ... cf fig C)

fig A

fig B

fig C

En cliquant sur une de ces icônes vous insérez alors la référence au document en question dans la base zotero ^[2], qu'il s'agisse d'une (ou des) référence(s) bibliographique(s) issues de bases de données, de moteurs de recherche, de catalogues ou qu'il s'agisse encore d'une page web, d'une vidéo, d'une photo, ... (cf fig D)

Selon les options souhaitées par le menu "préférences

" une copie du fichier PDF de la référence bibliographique, une copie web de la page, de la photo, ... pourra être téléchargée dans la base zotero et jointe à votre référence.

fig D

Quand zotero n'affiche pas d'icône dans la barre d'URL, il est possible d'ajouter une référence par les boutons

le premier effectue une opération similaire à l'insertion de signet dans son navigateur. L'URl est insérée dans la base zotero, avec le titre de la page et la date de consultation (on voit là l'orientation bibliographique)
le deuxième réalise un enregistrement de la page web avec l'url et la date. On pourra ultérieurement l'annoter par le menu
le troisième opère les deux actions précédentes en même temps.

[]... et après ?

Une fois les références (Bibliographiques ou signets) intégrées (et éventuellement les documents primaires joints), Zotero se comporte finalement comme d'autres outils de gestion de références bibliographiques :

possibilités de tri, de recherche, ...
interaction avec des logiciels de traitement de texte pour une insertion facilitée des citations et gestion de la bibliographie (Cf. renvoi sur le texte adhoc dans le guide)
on notera une gestion des mots clés "à la mode 2.0". Possibilité de "taguer" les références par drag&drop.
on n'oubliera pas les possibilités d'exportation des références. Vous choisirez d'exporter votre bibliothèque (ou collection) en... (plusieurs exemples, non exhaustif) :
- Zotero RDF pour échanger avec d'autres utilisateurs de zotero ou sauvegarder vos données (en attendant que Zotero Server et/ou Zotero commons soient opérationnels) en cochant par exemple "les notes" et "les fichiers". Attention toutefois au poids de "l'export" (le dossier comprenant le fichier RDF + les répertoires de contenus)
- BibteX, Refer-BibeX, pour échanger seulement vos références avec d'autres logiciels de gestion de références (" en local" : Endnote, bibus, zotero, ... ou "en ligne" CiteUlike, Bibsonomy, EndNoteWeb, ...)
- RIS, pour échanger vos références avec les notes avec d'autres logiciels de gestion de références qui acceptent ce format.

[]Développements

Pour connaître les développements à venir de Zotero vous pouvez

consulter en 1ere page le texte grisé.
plus précisément, vous rendre aussi sur la la roadmap
et puis n'oubliez pas l'actu de zotero

Ce qu'il convient de retenir, concernant les futurs développements, dans le contexte de cet article, c'est la possibilité de partager en ligne ses collections, notes et tags (motsclés) issus des bibliothèques zotero de plusieurs utilisateurs.

[modifier]Liens utiles

http://www.zotero.org/translators les entrepôts d'information pour lesquels les filtres existent
http://www.zotero.org/styles les styles des références disponibles, en développement ou qui dysfonctionnent
http://www.zotero.org/documentation/screencast_tutorials films_tutoriaux pour mieux comprendre toutes les fonctionnalités de Zotero et notamment une présentation générale des capacités de zotero - env 6 min
http://www.zotero.org/documentation/guide_de_demarrage_rapide tutoriel en français
http://www.zotero.org/feed/ fil rss du blog de zotero pour suivre l'actualité de ce logiciel

------------

Compatible sites

Zotero will automatically work with many sites not listed here; the best way to find out if Zotero works is to give it a try!
If you find a site that works with Zotero but does not appear in the list below, please let us know by sending an email totranslators@zotero.org.

Fully Supported: ABC-CLIO tested 05 October 2006, 10:42pm; ABI-Inform tested 26 June 2007, 11:00am Supported through ProQuest; Academic Search Premier tested 19 February 2008, 3:21pm Through EBSCO; Agencia del ISBN tested 19 February 2008, 12:09pm; Agricola: National Agricultural Library tested 07 January 2008, 2:38pm; Aleph tested 12 January 2007, 12:00pm; Amazon.com tested 27 September 2006, 4:24pm Now supports international sites and retrieves data from Amazon's API; American Chemical Society (ACS) Publications tested 12 January 2007, 11:15am; American Geophysical Union tested 19 February 2008, 5:09pm; American Geophysical Union's Journals tested 03 August 2007, 3:39pm; American Institute of Aeronautics and Astronautics tested 07 April 2008, 12:00pm; American Mathematical Society Journals tested 22 February 2008, 9:48am; American Meteorological Society Journals Online tested 19 February 2008, 5:12pm; American Physical Society Journals tested 19 February 2008, 3:07pm Physical Review Letters, etc. through Scitation; American Social History Online tested 21 April 2008, 3:25pm; Ancestry.com tested 29 August 2007, 2:27pm; Answers.com tested 19 February 2008, 11:41am; Appalachian School of Law tested 27 September 2006, 2:29pm; Arizona State University Libraries tested 28 September 2006, 1:28pm; ARTFL Encyclopédie tested 29 August 2007, 2:14pm; arXiv - UK tested 26 February 2008, 10:34am; arXiv.org tested 27 November 2006, 11:05am; ASCE Research Library tested 20 February 2008, 11:18am; Association for Computing Machinery (ACM) tested 12 January 2007, 11:06am; ATLA Religion Database tested 26 June 2007, 10:56am Supported through EBSCO and OVIDSP; Auburn University Libraries tested 04 February 2008, 11:00am; Australasian and New Zealand Legal Information Institute tested 26 June 2007, 11:02am; BBC News tested 03 August 2007, 3:44pm; Bennington College Library Catalog tested 09 January 2007, 8:21pm; Berkeley Electronic Press Journals tested 20 February 2008, 10:39am; Biblio.com tested 26 February 2008, 10:32am; Biblioteca Nacional de Espana tested 19 February 2008, 3:53pm; Bibliothek der Berufsakademie Heidenheim tested 11 March 2008, 3:14pm; Bibliothek der Berufsakademie Karlsruhe tested 11 March 2008, 3:23pm; Bibliothek der Berufsakademie Lörrach tested 11 March 2008, 3:23pm; Bibliothek der Berufsakademie Mannheim tested 11 March 2008, 3:23pm; Bibliothek der Berufsakademie Ravensburg tested 11 March 2008, 3:23pm; Bibliothek der Berufsakademie Stuttgart tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek der Berufsakademie Villingen-Schwenningen tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek der Hochschule der Medien Stuttgart tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek der Hochschule für Gestaltung Schwäbisch Gmünd tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek der Hochschule für Musik Karlsruhe tested 11 March 2008, 3:23pm; Bibliothek der Hochschule für Polizei Villingen-Schwenningenv tested 11 March 2008, 3:35pm; Bibliothek der Hochschule für Technik Stuttgart tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek der Musikhochschule Stuttgart tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek der Pädagogischen Hochschule Schwäbisch Gmünd tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek der Staatlichen Akademie der Künste Stuttgart tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek der Staatlichen Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Mannheim tested 11 March 2008, 3:23pm; Bibliothek der Zeppelin University Friedrichshafen tested 11 March 2008, 3:14pm; Bibliothek derBerufsakademie Suttgart, Aussenstelle Horb tested 11 March 2008, 3:14pm; Bibliothek des Badischen Landesmuseums Karlsruhe tested 11 March 2008, 3:23pm; Bibliothek des Landesmuseums für Technik und Arbeit Mannheim tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek des Mathematischen Forschungsinstituts Oberwolfach tested 11 March 2008, 3:23pm; Bibliothek des Staatlichen Seminars für Didaktik und Lehrerbildung (Gymnasien) Heilbronn tested 11 March 2008, 3:33pm; Bibliothek des Staatlichen Seminars für Didaktik und Lehrerbildung (Gymnasien) Rottweil tested 11 March 2008, 3:33pm; BIBSYS tested 03 August 2007, 3:44pm; Bioinfobank tested 22 February 2008, 9:45am; BioMed Central tested 03 August 2007, 3:39pm; BioOne tested 20 February 2008, 9:53am; BIUM tested 19 February 2008, 5:42pm; Blackwell Compass Journals tested 20 February 2008, 10:15am; Blackwell Synergy tested 12 January 2007, 10:56am; Bluefield College tested 27 September 2006, 2:33pm; Boston College Libraries tested 28 September 2006, 1:30pm; Boston University Libraries tested 28 September 2006, 1:30pm; Bridgewater College tested 27 September 2006, 2:33pm; Brigham Young University Library tested 28 September 2006, 1:43pm; British and Irish Legal Information Institute tested 26 June 2007, 11:03am; British Library Integrated Catalogue tested 11 December 2006, 10:45am; Brown University Library tested 28 September 2006, 1:54pm; Bryn Mawr Classical Review tested 20 February 2008, 10:11am; Bryn Mawr, Haverford, and Swarthmore Colleges Library Catalog tested 24 November 2006, 10:22am; BSZ - Südwestdeutscher Bibliothekskatalog tested 22 April 2008, 11:23am; CAB Abstracts tested 26 February 2008, 11:14am; Cambridge Scientific Abstracts tested 12 January 2007, 11:01am; Cambridge University Journals Online tested 19 February 2008, 1:15pm; Cambridge University Libraries tested 10 October 2006, 4:41pm; Canada Institute for Scientific & Technical Information (CISTI) tested 28 September 2006, 2:18pm; Canadian Legal Information Institute tested 26 June 2007, 11:03am; Carleton University Library tested 07 April 2008, 12:18pm; Case Western Reserve University Libraries tested 28 September 2006, 2:18pm; Catalogue of the Universiteit van Amsterdam tested 19 February 2008, 2:39pm; Center for Research Libraries Catalog tested 05 June 2007, 12:33pm; Chinese University of Hong Kong tested 29 October 2007, 1:18pm; Christopher Newport University tested 27 September 2006, 12:26pm; Chronicle of Higher Education tested 12 February 2008, 10:49am; CINAHL tested 26 June 2007, 10:56am Supported through EBSCO and OVID; CiNii (National Institute of Informatics - Japan) tested 21 February 2008, 4:59pm; CiteBase tested 12 January 2007, 11:45am; CiteSeer tested 05 October 2006, 10:45pm; CiteULike tested 18 January 2007, 10:34am; CiteULike tested 26 February 2008, 9:48am; City University of New York (CUNY) tested 06 November 2006, 9:59am; Cleveland State Libraries tested 26 October 2006, 4:18pm; Cleveland State University Libraries' SCHOLAR tested 12 February 2008, 10:41am; COinS (ContextObjects in Spans) specification tested 12 January 2007, 12:07pm; College of William & Mary tested 24 May 2006, 12:26pm; Colorado State University Libraries tested 28 September 2006, 2:38pm; Columbia University Libraries tested 28 September 2006, 2:38pm; Concordia University, Montreal tested 03 March 2008, 2:13pm; Copac Academic and National Library Catalogue tested 30 April 2007, 12:00pm; Copernicus Publications tested 19 February 2008, 5:11pm; Cornell University Library tested 28 September 2006, 2:46pm; Cornell’s Legal Information Institute tested 26 June 2007, 11:06am; CrossRef tested 12 January 2007, 11:45am; CSA Illumina tested 19 February 2008, 1:07pm; CSIRO Publishing Journal tested 26 February 2008, 11:04am; Dartmouth College Library tested 28 September 2006, 2:52pm; Digital Humanities Quarterly tested 20 February 2008, 10:19am; Duke University Libraries tested 28 September 2006, 3:00pm; Eastern Connecticut State University Library tested 18 December 2007, 10:07am; Eastern Mennonite University tested 27 September 2006, 2:36pm; Eastern Virginia Medical School tested 27 September 2006, 2:39pm; EBSCOhost tested 05 October 2006, 10:40pm; École Normale Supérieure tested 03 July 2008, 2:47pm; Ecological Society Journals tested 20 February 2008, 10:41am; Education Week tested 03 August 2007, 3:46pm; Education Week tested 19 February 2008, 5:01pm; Edutopia tested 19 February 2008, 3:02pm; Edward Via Virginia College of Osteopathic Medicine tested 27 September 2006, 2:39pm; Embedded Resource Description Framework (RDF) tested 12 January 2007, 11:35am; Emerald tested 19 February 2008, 2:40pm; Emory & Henry College tested 27 September 2006, 2:45pm; Emory University Libraries tested 28 September 2006, 3:00pm; Engineering Village tested 26 July 2007, 11:17am; English Short Title Catalogue (ESTC) at the British Library tested 20 November 2006, 11:48am; Epicurious.com tested 29 August 2007, 2:27pm; ERIC: Education Resource Information Center tested 26 July 2007, 11:20am; European Educational Research Journal tested 21 February 2008, 4:51pm; Factiva tested 12 January 2007, 11:01am; Ferrum College tested 27 September 2006, 2:45pm; Florida State University Libraries tested 28 September 2006, 3:08pm; Folger Shakespeare Library tested 20 November 2006, 2:38pm; GBV: Gemeinsamer Verbundkatalog (Common Library Network) tested 03 August 2007, 3:41pm; George Mason University's Library Catalog (all libraries) tested 26 September 2006, 11:18am; George Washington University Library tested 28 September 2006, 3:11pm; Georgetown University Library tested 28 September 2006, 3:11pm; Georgia Institute of Technology Library tested 28 September 2006, 3:17pm; Ghent University Catalogue tested 29 October 2007, 1:25pm; Glasgow Caledonian University: tested 27 November 2007, 11:25am; Google Books tested 27 September 2006, 4:31pm; Google Scholar tested 27 September 2006, 4:31pm; Grove Art Online tested 19 February 2008, 2:34pm; Grove Music Online tested 19 February 2008, 2:33pm; Hampden-Sydney College tested 27 September 2006, 2:48pm; Hampton University tested 27 September 2006, 2:48pm; Harvard University Library tested 27 September 2006, 4:18pm; Helsinki University Technology Library tested 26 February 2008, 11:16am; Highwire tested 12 January 2007, 11:10am; History Cooperative tested 05 October 2006, 10:44pm; Hochschulbibliothek Aalen tested 11 March 2008, 2:48pm; Hochschulbibliothek Albstadt-Sigmaringen tested 11 March 2008, 2:48pm; Hochschulbibliothek Biberach tested 11 March 2008, 3:14pm; Hochschulbibliothek der HTWG Konstanz tested 11 March 2008, 3:23pm; Hochschulbibliothek Esslingen tested 11 March 2008, 3:14pm; Hochschulbibliothek Kehl tested 11 March 2008, 3:23pm; Hochschulbibliothek Ludwigsburg tested 11 March 2008, 3:23pm; Hochschulbibliothek Mannheim tested 11 March 2008, 3:33pm; Hochschulbibliothek Nürtingen-Geislingen tested 11 March 2008, 3:33pm; Hochschulbibliothek Ulm tested 11 March 2008, 3:33pm; Hollins University tested 27 September 2006, 2:55pm; Hong Kong Academic Library Link tested 29 October 2007, 1:18pm; Hong Kong Institute of Education library tested 29 October 2007, 1:18pm; Houston Community College tested 11 January 2008, 8:34am; Howard University Libraries tested 28 September 2006, 4:21pm; HubMed tested 10 October 2006, 12:35pm; Hydrology and Earth System Sciences tested 20 February 2008, 9:52am; IDEAS: Economics and Finance Research tested 26 July 2007, 11:23am; IDS Zürich Universität tested 27 November 2007, 11:39am; IEEE Xplore tested 12 January 2007, 10:58am; Indiana University Libraries Bloomington and Indianapolis tested 12 June 2007, 5:31pm; Informationsverbund IDS Basel Bern tested 27 November 2007, 11:25am; Informaworld tested 22 February 2008, 9:44am; InfoTrac College Edition tested 05 October 2006, 10:39pm; InfoTrac OneFile tested 05 October 2006, 10:39pm; InnoPAC tested 12 January 2007, 11:35am; Institute of Physics tested 29 August 2007, 2:16pm; Inter Research Science Center tested 19 February 2008, 5:14pm; International Herald Tribune tested 26 July 2007, 11:26am; International Journal of Health Geographics tested 19 February 2008, 4:46pm; Iowa State University Library tested 28 September 2006, 4:35pm; James Madison University tested 27 September 2006, 12:30pm; Johns Hopkins University Libraries tested 28 September 2006, 4:35pm; Journal of Vision tested 26 February 2008, 11:02am; JSTOR tested 05 October 2006, 10:42pm; Kent State University Libraries tested 28 September 2006, 4:40pm; LA Times tested 03 August 2007, 3:46pm; Laurentian University library catalog tested 01 November 2007, 2:40pm; LexisNexis tested 05 October 2006, 10:40pm; Liberty University tested 27 September 2006, 3:04pm; Library of Congress tested 27 September 2006, 4:18pm; Library of Virginia tested 27 September 2006, 2:25pm; LibraryThing tested 19 February 2008, 12:12pm; LIBRIS: Swedish National Union Catalogue tested 21 April 2008, 3:25pm; Lincoln University library catalogue tested 31 October 2007, 9:08am; Longwood University tested 27 September 2006, 12:30pm; Los Angeles Times tested 19 February 2008, 3:28pm; Lund University Library tested 24 April 2007, 9:41am; Lyell Collection: Geological Society Publications Online tested 22 February 2008, 1:56pm; Lynchburg College tested 27 September 2006, 3:04pm; Marquette University Libraries tested 10 October 2006, 12:33pm; Marymount University tested 27 September 2006, 3:10pm; MathSciNet tested 12 January 2007, 11:10am; Max Planck Institute for the History of Science: Virtual Laboratory Library tested 19 February 2008, 12:05pm; McGill University tested 24 November 2006, 10:34am; MEDLINE tested 19 February 2008, 1:55pm Through EBSCO; Microfinance Gateway Library tested 20 February 2008, 10:01am; MLA International Bibliography tested 19 February 2008, 11:12am Through GALE InfoTrac; Nanyang Technological University Library tested 21 April 2008, 3:24pm; NASA ADS tested 26 July 2007, 11:17am; National Bureau of Economic Research: Working Papers tested 26 July 2007, 11:26am; National Chengchi University Library tested 24 November 2006, 10:46am English version; National Library of Medicine at NIH tested 02 April 2007, 11:54am; National Library of Scotland tested 20 February 2008, 10:13am; National Library of Sweden tested 13 February 2008, 11:52am; National Library of Turkey tested 03 July 2008, 2:45pm; National Taiwan University Library tested 26 June 2007, 10:30am; Nature tested 12 January 2007, 10:58am; NBER (National Bureau of Economic Research) tested 19 February 2008, 2:30pm; Netzwerk von Bibliotheken und Informationsstellen in der Schweiz tested 27 November 2007, 11:39am; New York Public Library tested 06 November 2006, 9:59am; New York Review of Books tested 27 September 2006, 4:33pm Saves separate articles but not full issues.; New York Times tested 27 September 2006, 4:24pm Including TimesSelect Content; New York University tested 07 October 2006, 2:57pm; New Zealand Herald tested 29 August 2007, 2:25pm; Norfolk State University tested 27 September 2006, 12:35pm; Northeastern University Libraries tested 02 April 2007, 11:54am; Northwestern University Libraries tested 06 November 2006, 10:01am; OAIster tested 19 February 2008, 5:16pm; OCLC WorldCat/FirstSearch tested 05 October 2006, 12:00am; Ohio Link Library Catalog tested 12 February 2008, 10:44am; Ohio State University tested 26 October 2006, 4:25pm; OhioLink tested 26 October 2006, 4:25pm; Old Dominion University tested 27 September 2006, 12:35pm; Optics InfoBase tested 19 February 2008, 1:18pm; OpticsInfoBase tested 29 August 2007, 2:14pm; Oregon State University tested 05 June 2007, 12:31pm; OvidSP tested 12 January 2007, 10:45am; Oxford University Libraries tested 10 October 2006, 4:41pm; Pacific Lutheran University tested 10 January 2008, 8:52am; Pädagogische Zentralbibliothek Stuttgart tested 11 March 2008, 3:33pm; Patent Lens tested 08 January 2008, 8:48am; Philosopher's Imprint tested 19 February 2008, 5:05pm; Philosopher's Index tested 19 February 2008, 11:15am Through OvidSP; Physical Review Online Archive tested 05 April 2007, 5:53pm; Pion Journals including Perception tested 26 February 2008, 10:58am; Portland State University Library tested 21 April 2008, 3:24pm; POSTECH Library Catalog tested 04 May 2007, 12:16pm; Project Muse tested 05 October 2006, 10:44pm; ProQuest Digital Dissertations & Theses tested 19 February 2008, 1:39pm; ProQuest Research Library tested 05 October 2006, 12:00am; PsycARTICLES tested 30 April 2008, 10:51am Supported through EBSCO; Public Library of Science Journals tested 19 February 2008, 5:07pm; PubMed tested 05 October 2006, 10:45pm; Purdue University Libraries Catalog tested 07 December 2006, 4:58pm; Radford University tested 27 September 2006, 12:40pm; Randolph-Macon College tested 27 September 2006, 3:14pm; Randolph-Macon Woman's College tested 27 September 2006, 3:14pm; Regent University tested 27 September 2006, 3:19pm; ReliefWeb tested 20 February 2008, 10:00am; Rensselaer Polytechnic Institute tested 25 October 2006, 3:06pm; Revues.org tested 26 February 2008, 10:41am; RIS file format tested 12 January 2007, 11:28am Many web-based scholarly resources that allow you to export in RIS format, such as Scirus, a search engine for scientific content, should now be Zotero-compatible, provided you've checked "Use Zotero for downloaded RIS/Refer files" in the Zotero preferences.; Roanoke College tested 27 September 2006, 3:19pm; Roanoke Higher Education Center tested 27 September 2006, 2:25pm; Royal Historical Society Bibliography of British and Irish History tested 19 February 2008, 2:53pm; RSC Publishing tested 29 August 2007, 2:16pm; RSC Publishing tested 29 August 2007, 2:17pm; Rutgers University Libraries tested 19 January 2007, 2:32pm; Sage Journals Online tested 22 February 2008, 10:57am; SAO/NASA Astrophysics Data System tested 19 February 2008, 3:24pm; SciELO - Scientific Electronic Library Online tested 20 February 2008, 11:20am; Science tested 21 April 2008, 3:25pm; Science Links Japan tested 21 February 2008, 5:00pm; ScienceDirect tested 12 January 2007, 10:45am; Scitation database tested 05 April 2007, 5:53pm; Scopus tested 13 February 2008, 11:54am; Shenandoah University tested 27 September 2006, 3:26pm; SirsiDynix tested 12 January 2007, 11:28am; SlideShare tested 26 February 2008, 10:35am; SPIE Digital Library tested 26 July 2007, 11:20am; SPIRES tested 29 August 2007, 2:53pm; SpringerLink tested 12 January 2007, 10:56am; Staatliche Kunsthalle Karlsruhe tested 11 March 2008, 3:23pm; Stanford Encyclopedia of Philosophy tested 03 July 2008, 2:26pm; Stony Brook University, SUNY, Libraries tested 07 October 2006, 2:57pm; Summit: Orbis Cascade Academic Union Catalog tested 26 July 2007, 2:44pm; Sweet Briar College tested 27 September 2006, 3:40pm; Sydney Morning Herald tested 29 August 2007, 2:25pm; Syracuse University Library tested 19 November 2006, 4:20pm; Système universitaire de documentation (SUDOC) tested 23 May 2007, 9:08am; Tate Library and Hyman Kreitman Research Centre. tested 07 January 2008, 2:56pm; Texas A&M University tested 10 January 2008, 8:52am; Texas A&M University Medical Sciences Library tested 10 January 2008, 8:53am; The Age tested 29 August 2007, 2:24pm; The Australian tested 29 August 2007, 2:24pm; The Economist tested 29 August 2007, 2:20pm; The Free Dictionary tested 19 February 2008, 11:46am; Thomas Branigan Memorial Library tested 30 October 2006, 6:56am; Thomas Jefferson Portal Online Library Catalog tested 19 February 2008, 3:26pm; Time tested 29 August 2007, 2:20pm; Trinity College Dublin Library tested 29 January 2007, 4:43pm; U.S. Electronic Code of Federal Regulations (e-CFR) tested 26 June 2007, 11:02am; Union Theological Seminary & Presbyterian School of Christian Education tested 27 September 2006, 3:42pm; United States Patent Office tested 26 June 2007, 11:06am; Universidad Nacional Autónoma de México tested 30 August 2007, 9:10am; Universitätsbibliothek Heidelberg tested 21 April 2008, 3:25pm; Université d'Ottawa tested 27 November 2007, 12:05pm; Université de Montréal Librairies tested 19 December 2006, 11:21am; University at Albany, SUNY, Libraries tested 28 September 2006, 1:19pm; University at Buffalo, SUNY, Libraries tested 28 September 2006, 1:57pm; University College Cork, Ireland tested 05 March 2008, 10:25am; University of Aberdeen Library tested 30 April 2007, 12:00pm; University of Arizona Library tested 28 September 2006, 1:23pm; University of California, Berkeley, Library tested 28 September 2006, 1:57pm; University of California, Davis, Library tested 28 September 2006, 2:07pm; University of California, Irvine, Libraries tested 28 September 2006, 2:07pm; University of California, Los Angeles, Library tested 28 September 2006, 2:11pm; University of California, Riverside, Libraries tested 28 September 2006, 2:11pm; University of California, San Diego, Libraries tested 28 September 2006, 2:14pm; University of California, Santa Barbara, Libraries tested 28 September 2006, 2:14pm; University of California, Santa Cruz, Libraries tested 21 February 2008, 10:36am; University of Chicago Library tested 28 September 2006, 2:22pm; University of Cincinnati Libraries tested 28 September 2006, 2:29pm; University of Colorado at Boulder Libraries tested 28 September 2006, 2:29pm; University of Delaware Library tested 28 September 2006, 2:52pm; University of Edinburgh Libraries tested 09 February 2007, 1:50pm; University of Florida Libraries tested 28 September 2006, 3:08pm; University of Georgia Libraries tested 28 September 2006, 3:17pm; University of Guelph Library tested 28 September 2006, 4:15pm; University of Hawaii at Manoa Libraries tested 28 September 2006, 4:15pm; University of Houston Libraries tested 28 September 2006, 4:21pm; University of Illinois at Chicago Library tested 28 September 2006, 4:24pm; University of Illinois at Urbana-Champaign Library tested 28 September 2006, 4:24pm; University of Iowa Libraries tested 19 January 2007, 4:31pm; University of Kansas Libraries tested 28 September 2006, 4:40pm; University of Maryland Library tested 14 November 2006, 1:57pm; University of Melbourne ePrints Repository tested 30 October 2006, 6:56am; University of Michigan Libraries tested 05 October 2006, 10:56pm; University of Minnesota Libraries tested 05 March 2007, 2:05pm; University of Nebraska-Lincoln tested 25 October 2006, 3:36pm; University of Nevada, Reno libraries tested 01 July 2007, 10:41am; University of New Orleans tested 14 November 2006, 1:57pm; University of North Carolina at Chapel Hill tested 25 October 2006, 3:09pm; University of Otago library tested 03 July 2008, 2:26pm; University of Pennsylvania tested 07 November 2007, 8:49am; University of Pretoria Catalogue tested 26 February 2008, 10:50am; University of Richmond tested 27 September 2006, 3:42pm; University of Rochester River Campus Libraries tested 07 December 2006, 5:07pm; University of San Francisco Libraries Ignacio tested 19 February 2008, 11:17am; University of St. Gallen Libraries tested 05 March 2008, 9:09am; University of Vermont Libraries tested 31 May 2007, 1:39pm; University of Washington Library tested 26 July 2007, 2:44pm; University of Western Ontario Libraries tested 31 January 2007, 11:46am; University of Wisconsin Milwaukee Library tested 29 June 2007, 1:49pm; University of Wisconsin- Madison Library tested 26 June 2007, 10:30am; University ofLausanne tested 10 March 2008, 1:17pm; Utrecht University Library tested 27 February 2008, 10:57am; Virginia Commonwealth University tested 27 September 2006, 12:50pm; Virginia Community College System tested 27 September 2006, 12:57pm; Virginia Military Institute tested 27 September 2006, 12:50pm; Virginia Quarterly Review tested 25 August 2008, 4:56pm Support via COinS; Virginia Tech tested 27 September 2006, 12:53pm; Virginia Wesleyan College tested 27 September 2006, 3:49pm; Wake Forest University Library tested 02 February 2007, 3:00pm; Washington and Lee University tested 27 September 2006, 3:49pm; Washington Post tested 27 September 2006, 4:33pm; Washington Research Library Consortium (WRLC) tested 26 September 2006, 11:26am; Washington State University tested 07 January 2008, 2:38pm; Washington University in Saint Louis Libraries tested 23 January 2008, 9:08am; Wesleyan University Library Catalog tested 20 November 2006, 11:31am Wesleyan shares this catalog with Connecticut College and Trinity College (in Hartford, CT).; Westminster Theological Seminary Library tested 15 February 2008, 10:38am; Wiley Interscience tested 07 January 2008, 2:54pm; Wissenschaftliche Regionalbibliothek Lörrach tested 11 March 2008, 3:23pm; Wofford College Library tested 18 December 2007, 10:07am; Wright State University tested 26 October 2006, 3:47pm; Yale University Library tested 23 May 2006, 11:08pm

logiciels du laboratoire Jean Kuntzmann

http://www-lmc.imag.fr/Logiciels/index.html

Les liens qui suivent pointent vers les logiciels développés dans nos différentes équipes:

Souvent ils utilisent des outils de developpement

ARTIS

AMIRA (juil. 2007) AMIRA is an Advanced 3D Visualization and Volume Modeling.

PPM (juil. 2007) The acronym PPM stands for Parallel Particle Mesh library. PPM is a software layer between the Message Passing Interface (MPI) and codes for simulations of physical systems using hybrid particle-mesh methods.

Basilic (dec. 2006) Basilic est un serveur de bibliographie pour les équipes de recherche. Il automatise et facilite la diffusion des publications scientifiques sur Internet, en générant automatiquement des pages webs à partir d'une base de données.

DCINPW (dec. 2006) Dynamic Canvas for Immersive Non-Photorealistic Walkthroughs

Freestyle (dec. 2006) Freestyle est un logiciel permettant de faire du rendu non photoréaliste de scènes 3D à base de lignes.

libQGLViewer (dec. 2006) libQGLViewer est une bibliothèque GPL écrite en C++, basée sur openGL et Qt, qui permet de rapidement développer des applications de visualisation 3D.

SciPres (dec. 2006) SciPres est un système pour créer des présentations animées.

TiffIO (dec. 2006) TiffIO est un plugin qui permet à n'importe quelle application basée sur la bibliothèque Qt de lire/écrire des images au format TIFF dans des QImages.

VRender (dec. 2006) VRender permet de faire du rendu vectoriel de données 3D telles qu'elles apparaissent dans une fenêtre OpenGL au format Postscript, XFig (et bientôt SVG).

X3DToolKit (dec. 2006) X3DToolKit est une bibliothèque GPL écrite en C++ qui permet de charger, d'afficher et de traiter des scènes 3D au format X3D.

BIPOP-CASYS

HUMANS (janv. 2007) Toolbox pour la simulation des humanoïdes

MODULOPT (janv. 2007) librairie d'optimisation

SICONOS (janv. 2007) plateforme pour la simulation des systèmes dynamiques non-réguliers

GIVARO (sept. 2005) Une bibliothèque générique pour les corps finis et leurs extensions

Simplicial Homology (oct. 2004) Un module proposé pour GAP pour le calcul de groupes d'homologies de complexes simpliciaux

FFLAS (juil. 2004) Finite Field Linear Algebra Subroutines

LinBox (août 2002) Une bibliothèque générique pour l'algèbre linéaire exacte

FRIDAY (nov. 2000) Systèmes dynamiques.

DAE (nov. 1999) Equations Différentielles Algébriques

EQDL (nov. 1999) Systèmes et Equations Différentiels Linéaires

LAMEX (août 1996) Systèmes dynamiques

EDP

Life (mars 2009) une librairie pour la résolution d'équations aux dérivées partielles en 1D,2D et 3D par des méthodes de Galerkin de type h/p.

NAUTil (mars 2009) von Neumann Analysis Utilities : routines Maple pour l'automatisation
de l'analyse de stabilité linéaire de schémas aux différences finies.

SPASS (mars 2009) Signal Processing for ASynchronous Systems : routines Matlab pour le l'échantillonnage non uniforme et le traitement du signal asynchrone.

EVASION

SOFA (fev. 2007) Sofa est une librairie C+ open souce pour la modélisation et la simulation de scènes mécaniques comportant des modèles très divers en interaction...

LEAR

detectors (dec. 2006) A joint comparison of affine covariant regions by LEAR, Oxford, Leuven and Prague (the test setup and the binaries.

IPLD (dec. 2006) Interest Point Detectors & Test Sequences

KAS (dec. 2006) Groups of adjacent contour segments: sofware for detecting Vitto's local shape features.

Part-Detect (dec. 2006) Scale-invariant Shape Features for Recognition of Object Categories

Point detector (dec. 2006) an Interest Point Destector Software

Statlearn (dec. 2006) Statlearn is a MatLab toolbox for easy manipulation of different classification methods (supervised learning) and multidimensional distributions (unsupervised learning), developed by Guillaume Bouchard.

MGMI

Géodésique (nov. 2002) Calcul de Géodésiques.

MOISE

Dassflow (janv. 2007) logiciel de simulation en hydraulique fluviale

AGRIF (dec. 2006) Logiciel de raffinement adaptatif de maillages structurés

Rheolef (dec. 2006) Environnement de calcul par éléments finis

SMS

Matlab Wavelet Denoising Toolbox (mars 2008) Un ensemble de procédures (scripts) pour le débruitage de signaux bruités à
l'aide de méthodes diverses de décomposition en ondelettes (déterministes et bayésiennes)
sont implémentées et discutées.

Mouvement Brownien Fractionnaire et Multifractionnaire (mars 2008) Autour des mouvements browniens fractionnaires et multifractionnaires :
Plusieurs procédures (scripts) pour simuler une trajectoire discrétisée d'un mouvement brownien fractionnaire ou multifractionnaire et en estimer les param\`etres sont implémentées
et/ou discutées en S-plus et/ou Matlab.

LogiFiab (janv. 2007) LogiFiab met en oeuvre les principaux modèles probabilistes et tests statistiques pour l'évaluation de la fiabilité des logiciels.

Smoothing Toolbox (nov. 2005) Boite a outils Matlab pour le lissage et la regression non
parametrique.

Empirical Bayes Thresholding (nov. 2005) Selection de seuil pour l'estimateur des ondelettes
par Bayes empirique

BLISS (nov. 2005) Programme de Séparation Aveugle de Sources

MacSurvival (dec. 1996) Implémentation de techniques d'analyse des données censurées. Unique logicile de survie sur Mac incluant des méthodes non paramétriques d'estimation lisse du taux de hasard

Tuesday, October 6, 2009

matlab and amira; how to integrate complex calculus into Amira using MATLAB

http://www.amiravis.com/documentation/521/amira/usersguide/tutmatlab.html

2.14 Using MATLAB Scripts

In this tutorial you will learn how to integrate complex calculus into Amira using MATLAB (The MathWorks, Inc) by the means of the CalculusMatlab module.

In order to use the CalculusMatlab module, MATLAB 7 must be correctly installed on your computer. The CalculusMatlab module establishes a connection to the MATLAB computational engine that was registered during installation. If you did not register during installation, on the Windows command line you can enter the command:

matlab /regserver

The limitations of the CalculusMatlab module are listed in its documentation.

This tutorial covers the following topics:

Loading and executing a MATLAB script.
Lowpass filtering on images.
Controlling the script with a time slider.
Thresholding on a volume.

2.14.1 Lowpass Filtering on Images

In this section we will learn how to apply a lowpass filter on an Amira image using the MATLAB Fourier transformation. This example shows how to pass data and control variables from Amira to MATLAB, execute a MATLAB script, and import the data back into Amira

.

Load the lena.png image file located in subdirectory data/tutorials/matlab.
Choose Luminance in the Channel Conversion field as shown in Figure 34.
Right click on the green icon and choose CalculusMatlab from the Compute section.

A new red icon appears, the CalculusMatlab module that will try to connect to the MATLAB engine. This may take a while.

Figure 34: Loading the image

Load the script lowpass.m located in subdirectory data/tutorials/matlab by clicking the Read button of the File port.
Execute the script by clicking on the buffer button of the Execute port.
Connect an OrthoSlice to the filtered image result.

The module uses the MATLAB computation engine which has its own user interface.

You can easily show or hide the MATLAB console using the checkbox in the options field. The MATLAB console is very useful for debugging purposes because it allows you to access variables of the MATLAB workspace. Any variable not cleared by the MATLAB "clear" command in the script is accessible in the MATLAB workspace, even after finishing the current CalculusMatlab computation (see the CalculusMatlab documentation).

Figure 35: The CalculusMatlab module

In addition you can control scalar parameters of the script using time sliders:

Create a time slider (File/Create/Data/Time).
Connect the CalculusMatlab module to the time slider.
Change the line cutoff=0.05 to cutoff=t in the script (see the CalculusMatlab documentation for more information about the keyword t).
Click on the time slider and adjust the value that will be assigned to w. Right mouse click in the text field of the time slider and select Configure to adjust the data range of the parameters.

Figure 36: Left: original Right: lowpass filtered

Note: To handle RGBA image filtering, you must load the image with Color Field Channel Conversion and treat each channel separately in the script.

2.14.2 Thresholding on a Volume

In this section we will learn how to apply a threshold to a volume. This is done by setting a value for a threshold. If the value for the voxel is less than the threshold, the voxel value is assigned the value of zero. If it is above the threshold, it is assigned a value of 255.

Load the file lobus.am located in subdirectory data/tutorials.
Right click on the green icon and choose CalculusMatlab from the Compute section.
Load the script threshold.m located in subdirectory data/tutorials/matlab by clicking the Read button of the File port.
Execute the script by clicking on the buffer button of the Execute port.

A new green icon appears, the Lattice that will hold the threshold result. Connect an OrthoSlice or a Voltex to see the result.

Note: Any variable accessed by MATLAB and pushed back into the Amira workspace will lose its voxel size information. You will need to correct the voxel size manually using the Crop Editor.

U3D and matlab file exchange; Export triangulated mesh into a pdf with a 3D interactive object.

http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/25383

Description	Export triangulated mesh into a pdf with a 3D object. The matlab mesh is converted to IDTF with matlab code. The IDTF file is converted to u3d with an external binary file. The u3d file can then be embedded into a pdf with pdflatex and the movie15 package. The user can then interact with the mesh (zoom, rotate etc.) from adobe reader. The package contains demo data and example of output. The code of the IDTF to U3D converter can be obtained at : http://sourceforge.net/projects/u3d/ The toolbox has been tested on mac intel, linux and windows. To test run the script : demo_mesh2pdf.m
MATLAB release	MATLAB 7 (R14)
Other requirements	The windows version requires to install MeshLab : http://meshlab.sourceforge.net/

Saturday, September 26, 2009

PDF = ISO 32000 standards (in english and en français)

With Adobe® Acrobat® 9 software, you can save any digital document as a PDF file that conforms to a variety of industry- or format-specific standards or that adheres to your organization's own unique specifications. Standardize on Acrobat to:

Easily create and distribute electronic documents that comply with a variety of standards, including PDF/A, PDF/E, and PDF/X
Optimize electronic documents for accessibility by people with disabilities
Easily combine important compliance documents — from a variety of applications — into a single, searchable PDF document
Develop and update compliance documentation using sophisticated document review tools
Integrate industry data standards and ease business transactions by combining the power of XML with intelligent PDF technologies

Meet current standards

PDF: Invented by Adobe Systems and perfected over 15 years, PDF is now a formal, open standard. Maintained by the International Organization for Standardization (ISO), ISO 32000 will continue to be developed with the objective of protecting the integrity and longevity of PDF, providing a formal, open standard for the more than one billion PDF files in existence today.

Visit the AIIM website: PDF Expert Corner

PDF/A: Approved by the ISO in May 2005, PDF/A supports the long-term preservation of digital documents. Using Acrobat 9, records managers, archivists, and industry compliance professionals can easily preserve and protect important electronic documents as fully searchable, protected PDF/A-compliant files.

Read about PDF for archiving (PDF, 272K)

PDF/E: Ratified by ISO as an open standard in June 2007, PDF/E provides guidelines for the reliable exchange of documentation and drawings. Architects, engineers, construction professionals, and manufacturing product teams can use Acrobat 9 to streamline the exchange of project information and to review and mark up documents, including complex 3D content.

See AIIM: PDF/Engineering

PDF/X: Developed to facilitate the exchange of final, print-ready pages, PDF/X restricts all content — such as embedded multimedia — that does not directly serve high-quality print production output. Print professionals, graphic designers, and other creative professionals can use Acrobat 9 to create and deliver predictable, press-ready PDF/X-compliant files.

Read the FAQ: Adobe and PDF/X (PDF, 59K)

U3D: The Universal 3D (U3D) file format is an open and extensible format for sharing and viewing interactive 3D designs. Architects, engineers, and manufacturing design professionals can use Acrobat 9 to embed U3D files directly into PDF files, making it easy to distribute, review, or repurpose valuable 3D content.

Visit Ecma International: Universal 3D file format

PDF Healthcare: PDF allows healthcare providers and consumers to develop a more secure electronic container for storing and transferring healthcare information, including documents, XML data, DICOM images and data, clinical notes, lab reports, electronic forms, scanned images, photographs, digital X-rays, and ECGs. Resources on the AIIM website can help you take full advantage of the capabilities of PDF in healthcare workflows.

Visit AIIM: PDF Healthcare

Purchase the Best Practices Guide

Adobe and industry standards: Adobe is an active member of key standards bodies, working groups, and industry associations that develop standards, including XML-based industry standards. We contribute ongoing resources and publish, review, and share technology.

Read about Adobe and industry standards

Prepare for future standards

PRC: PRC is a compact, flexible 3D file format for representing 3D models and assemblies. It is optimized to store, load, and display various kinds of 3D data, especially for data that represents manufactured products. Adobe has released PRC to ISO for standardization.

Read the FAQ: PRC format (PDF, 89K)

PDF/UA: PDF/UA provides guidance for making PDF information universally accessible. Businesses and government agencies can use Acrobat 9 to create PDF/UA-compliant documents that can be accessed anytime, on any hardware or software platform, by anyone — even people with disabilities, such as vision impairment or limited mobility.

Visit PDF Universal Accessibility Committee

------------------

Avec Adobe® Acrobat® 9, vous pouvez enregistrer n'importe quel document numérique sous forme de fichier PDF conforme aux standards sectoriels ou aux spécificités de formats en vigueur, ou respectant le cahier des charges de votre entreprise. Adoptez Acrobat pour :

créer et diffuser facilement des documents électroniques conformes aux normes, dont PDF/A, PDF/E et PDF/X
optimiser l'accessibilité des documents électroniques aux personnes souffrant de handicaps
regrouper aisément tous vos documents réglementaires importants (depuis diverses applications) en un document PDF unique indexé
élaborer et actualiser vos déclarations de conformité au moyen d'outils de révision documentaire sophistiqués
intégrer les standards du marché et faciliter les transactions commerciales en associant la puissance du langage XML à l'intelligence des technologies PDF

Respect des standards actuels

PDF - Inventée par Adobe Systems et perfectionnée depuis plus de 15 ans, la technologie Adobe PDF (Portable Document Format) est officiellement devenue un standard ouvert, sous l'appellation ISO 32000. Gérée par l'ISO (International Organization for Standardization), la norme ISO 32000 est développée afin de protéger l'intégrité et la longévité du format PDF, qui constitue un standard ouvert officiel pour plus d'un milliard de fichiers PDF actuellement en circulation.

PDF/A - Approuvé par l'ISO en mai 2005, PDF/A assure la conservation à long terme des documents numériques. En faisant appel à Acrobat 9, archivistes et professionnels de la conformité peuvent aisément conserver et protéger des informations électroniques importantes sous forme de documents entièrement indexés, conformes à la norme PDF/A.

Pour en savoir plus (PDF : 272K)*

PDF/E - Homologué par l'ISO en juin 2007, le standard ouvert PDF/E fournit des directives pour l'échange fiable de documentation et de dessins techniques. Architectes, ingénieurs, professionnels du BTP et équipes de fabrication se servent d'Acrobat 9 pour simplifier l'échange de données de projet, mais aussi revoir et annoter des documents, y compris du contenu 3D complexe.

Pour en savoir plus*

PDF/X - Conçu pour faciliter l'échange de pages finalisées prêtes pour l'impression, PDF/X limite les contenus ne garantissant pas une production imprimée de qualité supérieure (contenus multimédias incorporés). Professionnels de l'impression, graphistes et autres créatifs peuvent exploiter Acrobat 9 pour produire des fichiers conformes à la norme PDF/X, prêts à être mis sous presse.

Pour en savoir plus (PDF : 59K)*

U3D - Universal 3D (U3D) est un format ouvert et évolutif se prêtant au partage et à la visualisation de modèles 3D interactifs. Architectes, ingénieurs et professionnels de la modélisation industrielle peuvent faire appel à Acrobat 9 pour incorporer directement des fichiers U3D dans des documents PDF, facilitant ainsi la distribution, la révision et le reformatage de précieux contenus 3D.

Pour en savoir plus (PDF, 776 Ko)*

Anticipation des standards à venir

PDF/UA - PDF/UA fournit des directives pour rendre les informations PDF universellement accessibles. Entreprises et administrations peuvent utiliser Acrobat 9 pour créer des documents conformes PDF/UA accessibles à tout moment, sur toute plate-forme matérielle ou logicielle, et par quiconque — même par les personnes présentant un handicap (déficience visuelle ou mobilité réduite).

Pour en savoir plus*

U3D pdf adobe acrobat version 9; Conversion d'un fichier 3D à l'aide du paramètre U3D ou PRC

Vous pouvez convertir des fichiers 3D et de CAO dont le format est pris en charge en fichiers PDF contenant une ou plusieurs pages. Les paramètres prédéfinis par défaut fonctionnent parfaitement pour la plupart des types de conversion. Cependant, vous pouvez les modifier ou sélectionner un paramètre prédéfini différent au cours de la conversion. (Pour afficher les paramètres de conversion 3D avant de convertir le fichier, ouvrez la boîte de dialogue Préférences. Sous Catégories, sélectionnez Conversion au format PDF, choisissez un format de fichier, puis cliquez sur Modifier les paramètres.)

Les fichiers 3D sont convertis en flux de données PRC ou U3D, puis ils sont stockés dans le fichier PDF résultant. Le format du fichier 3D détermine les entités susceptibles d'être importées dans le fichier PDF.

Si votre PC Windows est équipé d'un adaptateur vidéo intégré, mettez à niveau le pilote de cet adaptateur pour vous assurer que le contenu 3D est généré correctement. Pour obtenir la dernière version du pilote, consultez le site Web du fabricant de l'adaptateur vidéo ou de l'ordinateur.

Pour plus d'informations sur la conversion des fichiers 3D, reportez-vous aux ressources suivantes :

Bloc de communication en 3D : www.acrobatusers.com/blogs/acrobat3d/
Informations générales sur la 3D : blogs.adobe.com/bowman/acrobat_3d/
Vidéo sur la création de documents PDF à partir de contenu 3D : www.adobe.com/designcenter/video_workshop/?id=vid0323
Support Acrobat : acrobatsupport.com/

Conversion des fichiers 3D

Sélectionnez les fichiers 3D CAO que vous souhaitez convertir :
- Pour créer un document d'une page, choisissez Fichier > Créer un fichier PDF > A partir d'un fichier. Sélectionnez le fichier 3D, puis cliquez sur Ouvrir.
- Pour créer un document de plusieurs pages, choisissez Fichier > Créer un fichier PDF > Fusionner les fichiers en un seul fichier PDF. Cliquez sur le bouton Ajouter des fichiers afin de sélectionner les fichiers 3D voulus, puis choisissez Combiner les fichiers. Chaque fichier 3D s'affiche sur une page distincte.
Dans la boîte de dialogue Conversion Acrobat 3D, sélectionnez les paramètres prédéfinis ou individuels que vous souhaitez utiliser, puis cliquez sur OK.

Une autre solution consiste à faire glisser un fichier 3D depuis le bureau dans Acrobat Professional Extended (ou vers l'icône de l'application) afin de créer un fichier PDF d'une seule page. Vous pouvez également cliquer avec le bouton droit de la souris sur le fichier 3D et choisir l'option de conversion au format PDF dans le menu contextuel (valable pour un seul fichier). Pour plusieurs fichiers, choisissez Combiner les fichiers pris en charge dans Acrobat (s'applique au fichier sélectionné et à ceux que vous sélectionnez dans la boîte de dialogue qui s'affiche alors).

Création d'un modèle PDF pour les fichiers 3D

Pour harmoniser la structure et la disposition de vos documents PDF 3D, créez un fichier PDF modèle contenant une balise d'emplacement pour le modèle 3D. Vous pouvez créer un tel fichier modèle dans toute application Microsoft® Office dans laquelle PDFMaker est disponible. Une fois le fichier modèle créé, sélectionnez-le dans la boîte de dialogue de conversion d'Acrobat 3D à chaque conversion d'un fichier 3D au format PDF.

Dans un document Office 2003, cliquez sur le bouton Insérer un modèle Acrobat 3D de la barre d'outils PDF. Dans un document Office 2007, cliquez sur Incorporer le contenu 3D sur le ruban Acrobat.
Dans la boîte de dialogue qui s'affiche, cliquez sur OK sans sélectionner de modèle 3D.Cette opération permet de créer une balise d'emplacement pour la conversion 3D.
Positionnez et redimensionnez cette balise d'emplacement en fonction des modèles 3D à insérer.
Ajoutez toutes les informations qui vous semblent pertinentes, puis enregistrez le fichier.
Cliquez sur le bouton Convertir au format Adobe PDF de la barre d'outils PDF (Office 2003) ou sélectionnez Créer un fichier PDF sur le ruban Acrobat (2007). Enregistrez ensuite le fichier au format PDF.

Pour utiliser ce fichier modèle lors de la conversion, activez l'onglet Document de la boîte de dialogue Conversion Acrobat 3D. Si le nom du modèle n'apparaît dans la zone Modèle PDF, cliquez sur Parcourir pour le localiser et l'ouvrir.

Conversion d'un fichier 3D à l'aide de paramètres PRC

Utilisez les paramètres PRC pour créer un fichier PDF qui contient des données PMI (Product Manufacturing Information), des paramètres de polygone ou de polygonalisation, de géométrie ou représentations par frontières. Après avoir créé le fichier PDF, vous pouvez exporter la géométrie aux formats de fichier standard que peuvent lire la plupart des applications de CAO, FAO et IAO.

Sélectionnez Fichier > Créer un fichier PDF > A partir d'un fichier, sélectionnez le fichier de CAO 3D, puis cliquez sur Ouvrir.
Dans la boîte de dialogue Conversion Acrobat 3D, cliquez sur l'onglet Importation.
Pour importer les données PMI (Product Manufacturing Information) avec un modèle 3D, sélectionnez Vues et données PMI 3D. Vous pouvez importer les informations PMI des fichiers CATIA V5, I-DEAS, JT, NX (Unigraphics), Pro/ENGINEER et SolidWorks.Cette option est uniquement disponible pour les modèles contenant des données PMI.
Pour remplacer les polices utilisées avec les informations PMI, cliquez sur Polices, sélectionnez Toujours substituer, spécifiez la police et cliquez sur OK.Si vous sélectionnez Toujours substituer, vous supprimez dans le fichier PDF toute référence à la police utilisée pour les informations PMI. Si vous laissez l'option Toujours substituer désactivée, Acrobat substitue toutes les polices manquantes. Si les polices d'origine deviennent disponibles, elles sont alors utilisées pour afficher les informations PMI.
Cliquez sur l'onglet Optimisation, puis choisissez un paramètre PRC dans le menu Format :

Représ. par frontières PRC (solide)

Conserve uniquement les informations de géométrie du modèle 3D. Cette option permet d'obtenir des fichiers plus petits mais les polygones doivent être régénérés à chaque ouverture d'un fichier. Voir Exportation de la géométrie à partir de modèles 3D.

Représ. par frontières PRC + polygonalisation

Conserve les éléments géométriques de la géométrie 3D et tous les paramètres de polygones enregistrés. Si le modèle 3D n'inclut pas les paramètres de polygone, ils sont générés à partir de la géométrie lors de la conversion.

Polygonalisation PRC (à facettes)

Conserve les paramètres des polygones du modèle 3D ou génère de nouveaux polygones à partir de la géométrie.

Sélectionnez un niveau de détail. Pour définir des mesures précises, sélectionnez Personnalisée (pour la visualisation) ou Précision contrôlée (pour l'impression STL), puis cliquez sur Options avancées.

(Facultatif) Pour appliquer la compression, sélectionnez une option de compression PRC. Si vous prévoyez d'exporter la géométrie, laissez l'option Compresser le modèle de représentation par frontières désactivée ou définissez sa valeur sur 0,001 mm.

Les fichiers compressés sont plus petits mais leur ouverture prend plus de temps que celle des fichiers PDF non compressés. Pour gagner du temps, utilisez la compression uniquement lorsqu'elle s'avère nécessaire (après une conversion PDF : cliquez sur le modèle 3D avec le bouton droit de la souris, puis choisissez Optimiser. Cette option est uniquement disponible dans les fichiers PDF convertis à l'aide des paramètres PRC.

Remarque : Lorsque vous appliquez des mesures de protection à un fichier PDF 3D contenant des éléments géométriques, évitez de définir des paramètres qui limitent la modification et l'impression du document. Sinon, l'option d'exportation de la géométrie est désactivée.

Conversion d'un fichier 3D à l'aide du paramètre U3D

Sélectionnez Fichier > Créer un fichier PDF > A partir d'un fichier, sélectionnez le fichier de CAO 3D, puis cliquez sur Ouvrir.
Dans la boîte de dialogue de conversion, cliquez sur l'onglet Optimisation, puis choisissez un paramètre de conversion U3D dans le menu Format 3D dans le fichier PDF :

U3D ECMA 3

Garantit la compatibilité avec Acrobat 8.1 et versions ultérieures ainsi qu'avec Adobe Reader® 8.1 et versions ultérieures.

U3D ECMA 1 (compatible avec Reader 7.0)

Garantit la compatibilité avec Acrobat 7.0 et versions ultérieures ainsi qu'avec Reader 7.0 et versions ultérieures.

Sélectionnez un niveau de détail. Pour définir des mesures précises, sélectionnez Personnalisée (pour la visualisation) ou Précision contrôlée (pour l'impression STL), puis cliquez sur Options avancées.

(Facultatif) Pour la conversion U3D ECMA 3, sélectionnez Qualité de maillage, puis spécifiez un pourcentage.

Définissez les autres options pertinentes, puis cliquez sur OK.

A propos des formats de conversion PRC et U3D

ref:

http://help.adobe.com/fr_FR/Acrobat/9.0/3D/WS58a04a822e3e50102bd615109794195ff-7c0f.w.html

Thursday, September 24, 2009

iso2mesh: a Matlab/Octave-based mesh generator: Examples Segmented images

iso2mesh: a Matlab/Octave-based mesh generator: Doc/Examples: "Example Scripts for Using iso2mesh

1. Demonstration for surf2mesh
2. Demonstration 1 for vol2mesh
3. Demonstration 2 for vol2mesh
4. Demonstration 3 for vol2mesh

We provided a couple of example scripts to demonstrate the basic utilities of this toolbox. They can be found at sample/ subdirectory from iso2mesh's installation directory. In this page, we will briefly describe the input/output for each of the example and show you the process of the mesh creation using iso2mesh. Most the examples come from author's realistic research problems. For example, the surf2mesh example came from vessel network modeling; demo1 for vol2mesh came from small animal florescences imaging, and demo3 of vol2mesh originated from a combined image reconstruction of brain functional imaging using MRI, MEG and diffuse optical tomography.

1. Demonstration for surf2mesh
The sample script 'demo_surf2mesh_ex1.m' is to demonstrate how to use surf2mesh for meshing a simple open-ended surface. The surface is saved in 'surfmesh_demo.mat'. Loading this mat file, you will find two variables, f, and v, they record a tube surface mesh. One can view this surface by

trisurf(f,v(:,1),v(:,2),v(:,3)); axis equal;

The surface looks like upload:tube_surf.png

then, we call surf2mesh to produce volumetric mesh from this surface. This includes 3 sub steps

1. in the first step, the fine surface, f and v, are re-sampled to only keep 10% of the original elements
2. because the surface has openings, in the second step, iso2mesh added a cubic frame outside the tube, and punch openings on the bounding box and merge with the tube surface to create a closed surface
3. in the third step, a volumetric mesh is generated within the enclosed volume bounded by the bounding box and the tube.

After step 1, the surface mesh look like upload:tube_surf_sampled.png
After step 2, the surface mesh look like upload:tube_mesh.png
After step 3, the volume mesh look like upload:tube_mesh2.png

I want to mention that at this point, iso2mesh can only mesh surfaces with their edges (borders of the open regions) strictly located within a bounding box surface. It can even handle the complex cases where a opening edge contour located on multiple sides of the bounding box.

2. Demonstration 1 for vol2mesh
The first vol2mesh demonstration is to create an FEM mesh from a CT scan of a rat-head. In this example, the volumetric data is a thresholded CT image of a rat. In a vol2mesh session, we first wrap the volume with a layer of zeros, in order to make the non-zero region close. Then we extract the boundary of the non-zero regions by calling Matlab's isosurface(). The created iso-surface, in the resolution of voxel sizes, will be re-sampled to specified mesh density. Before and after the simplification, we perform a mesh validation and repair process to avoid the appearance of 'non-manifold' nodes. Once the surface mesh is completed, we produce volumetric mesh within the region bounded by the re-sampled surface mesh.

The voxelated rat head binary image looks like upload:mouse_vox.png
The re-sampled rat surface mesh is shown below upload:mouse_mesh.png
The cross-section of the 3D volumetric mesh looks like upload:mouse_head.png
3. Demonstration 2 for vol2mesh
In this example, we try to make a little bit fun using iso2mesh while showing off the extreme flexibility and simplicity of making a complex mesh using this toolbox. We will make a mesh on a slab-shaped object with 'ISO2Mesh' etched on one of the surface, just like the header image of this document showing.

To make this 'object', we first create a black-white image, 'iso2mesh_bar.tif', with an image editor. This image is then read as a 2D array into matlab, we then invert the 0-1 values, and stack it to 30 layers to make a etched patten, then, append another 30 layers of pure 1 image at the end of the stack as the base. Now we have this binary array with etched letter patterns.

The original 2D binary pattern is upload:iso2mesh_bar_2d.png
and the 3D object surface look like upload:iso2mesh_bar_3d_vox_small.png

We pass this array to vol2mesh, and set the surface simplification ratio to 10%, and maximum volume of 100 (in voxel unit), after going through similar processes as in demo1, we will get a volumetric mesh just like what you see from the header bar image.

The generated surface mesh is upload:iso2mesh_bar_1.png

4. Demonstration 3 for vol2mesh
Demonstration 3 is another challenging example showing you how to apply iso2mesh in complex geometries such as head and brain imaging. The 3D head and brain images were extracted from a real head scan from MRI. To save space, we convert them into a binary format as head.tif and brain.tif, respectively, where the brain is simple a segmented subregions from the head scan.

The raw binary head image is shown as upload:head_orig.png

Reading the head binary image into matlab and plot a slice, you will find there are lots of gaps and openings in the volume. As the dimensions of these gaps are close to the sale of a few voxel, it will give iso2mesh a really bad time trying to mesh with these gaps and holes. Therefore, we first perform a binary volume repairing process: deisland3d, to fill the holes and remove the isolated regions form the image. The cleaned up version of the head image can be found at here. The brain volume is clean by itself, so, we do not need to do hole-filling and island-removing.

The head image after hole-filling/island-removing is upload:head_fill.png

In this case, we will make a 2-level surface meshes: we will make 3D FEM mesh to fill both the regions between the head surface and brain surface, as well as the volume within the brain surface, and we want to make sure that the surface representation of the brain appears exactly in the resulting volumetric mesh (i.e., there is a conformal surface layer in the FEM mesh to match the brain surface). To do this, we first add the brain binary image on top of the head image, to create a two level image: voxels with value of 0 represent air, voxels of 1 represent the head region outside the brain, and voxels of value 2 represent the brain region. We pass this 3-valued array, fullimg, to vol2mesh, vol2mesh will first extract the iso-surface the interface between 0 and 1, performing mesh repairing and simplification; and then the interfaces between 1 and 2. After both surfaces complete, we will produce volumetric mesh for this mesh cluster. The resulting mesh will have a exterior surface conforms to the head contour, and an internal surface to conform to the brain surface.

The 3-level head and segmented brain image upload:head_seg.png
The brain surface mesh is upload:head_brain_meshed.png
The head surface mesh is upload:head_surface.png
The produced volumetric mesh cross-cut view 1 upload:head_mesh_cut1.png
The produced volumetric mesh cross-cut view 2 upload:head_mesh_cut2.png"

MATLAB Central - How to create 3D mesh model?

MATLAB Central - Newsreader - How to create 3D mesh model?: "Thread Subject: How to create 3D mesh model?

Subject: How to create 3D mesh model?

From: Tong

Date: 14 Jul, 2009 19:55:03

Message: 1 of 6
Reply to this message
Add author to My Watch List
View original format
Flag as spam

I have segmented meniscus images from MRI that is created in about 3mm slices. How would I combine these slices together to create a 3D model of the meniscus?

Subject: How to create 3D mesh model?

From: Luigi Giaccari

Date: 14 Jul, 2009 20:49:03

Message: 2 of 6
Reply to this message
Add author to My Watch List
View original format
Flag as spam

Please send me that models of yours, I am plannig to build a surface recostructor for sliced cloud. Send to : giaccariluigi@msn.com

In the mean time look for:

http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/22185
http://giaccariluigi.altervista.org/blog/

and related

Subject: How to create 3D mesh model?

From: Brad Henrie

Date: 17 Jul, 2009 21:45:18

Message: 3 of 6
Reply to this message
Add author to My Watch List
View original format
Flag as spam

'Tong ' <celticbaseball06@gmail.com> wrote in message <h3inqn$ni5$1@fred.mathworks.com>...
> I have segmented meniscus images from MRI that is created in about 3mm slices. How would I combine these slices together to create a 3D model of the meniscus?

First place all of your slices into a 3-d matrix. This will give you a cube of data. You can then view it from multiple planes by using this format variable(:,:,a) where a is the slice position in a direction directly into your displayed image. Using the same format you can display other planes variable(:,a,:). Converting your image to greyscale will allow you to display it using implay.

I'm sure that since you are working with MRI you have access to the image processing toolbox.

While viewing images in a plane where the pixels are not square you need to scale your image. (if you have a 3x3x5 voxel and display the 3x5 pixel representation) Also remember your slice separation if you don't have 3-d k-space.

Subject: How to create 3D mesh model?

From: Image Analyst

Date: 18 Jul, 2009 04:02:35

Message: 4 of 6
Reply to this message
Add author to My Watch List
View original format
Flag as spam

'Tong ' <celticbaseball06@gmail.com> wrote in message <h3inqn$ni5$1@fred.mathworks.com>...
> I have segmented meniscus images from MRI that is created in about 3mm slices. How would I combine these slices together to create a 3D model of the meniscus?
----------------------------------------
I'm not sure what you mean by 'model,' but you can combine 2D images together to form a 3D image by using the cat(3, slice1, slice2, slice3, slice4, slice5,......) function.

Subject: How to create 3D mesh model?

From: Tong

Date: 20 Jul, 2009 18:36:02

Message: 5 of 6
Reply to this message
Add author to My Watch List
View original format
Flag as spam

'Image Analyst' <imageanalyst@mailinator.com> wrote in message <h3rhgr$of5$1@fred.mathworks.com>...
> 'Tong ' <celticbaseball06@gmail.com> wrote in message <h3inqn$ni5$1@fred.mathworks.com>...
> > I have segmented meniscus images from MRI that is created in about 3mm slices. How would I combine these slices together to create a 3D model of the meniscus?
> ----------------------------------------
> I'm not sure what you mean by 'model,' but you can combine 2D images together to form a 3D image by using the cat(3, slice1, slice2, slice3, slice4, slice5,......) function.

What about when I am using regions of interest, not images?

Subject: How to create 3D mesh model?

From: fabio freschi

Date: 20 Jul, 2009 21:06:01

Message: 6 of 6
Reply to this message
Add author to My Watch List
View original format
Flag as spam

you can try iso2mesh in FE
fabio"

Wednesday, September 23, 2009

SPM-basics

SPM (Statistical Parametric Mapping) refers to the construction and assessment of spatially extended statistical processes used to test hypotheses about functional imaging data. These ideas have been instantiated in software that is called SPM.

http://en.wikibooks.org/wiki/SPM

The SPM software package has been designed for the analysis of brain imaging data sequences. The sequences can be a series of images from different cohorts, or time-series from the same subject. The current release is designed for the analysis of fMRI, PET, SPECT, EEG and MEG.

Installation

Downloading SPM Introduction, Licensing, Requirements, Download link
MATLAB version

"Ex-ample" of Online Services

Online Services headline animator, feedBurner

Wednesday, October 7, 2009

zotero, la première fois; installer zotero; lien avec Web Of Science

[]... et après ?

[]Développements

[modifier]Liens utiles

Compatible sites

logiciels du laboratoire Jean Kuntzmann

Tuesday, October 6, 2009

matlab and amira; how to integrate complex calculus into Amira using MATLAB

2.14 Using MATLAB Scripts

2.14.1 Lowpass Filtering on Images

2.14.2 Thresholding on a Volume

U3D and matlab file exchange; Export triangulated mesh into a pdf with a 3D interactive object.

Saturday, September 26, 2009

PDF = ISO 32000 standards (in english and en français)

Meet current standards

Prepare for future standards

Respect des standards actuels

Anticipation des standards à venir

U3D pdf adobe acrobat version 9; Conversion d'un fichier 3D à l'aide du paramètre U3D ou PRC

Conversion des fichiers 3D

Création d'un modèle PDF pour les fichiers 3D

Conversion d'un fichier 3D à l'aide de paramètres PRC

Conversion d'un fichier 3D à l'aide du paramètre U3D

Thursday, September 24, 2009

iso2mesh: a Matlab/Octave-based mesh generator: Examples Segmented images

iso2mesh: a Matlab/Octave-based mesh generator: Examples Segmented images

MATLAB Central - How to create 3D mesh model?

MATLAB Central - How to create 3D mesh model?

Wednesday, September 23, 2009

SPM-basics

Installation

See this SVG code in jsdo.it:

AMIRA	(juil. 2007)	AMIRA is an Advanced 3D Visualization and Volume Modeling.
PPM	(juil. 2007)	The acronym PPM stands for Parallel Particle Mesh library. PPM is a software layer between the Message Passing Interface (MPI) and codes for simulations of physical systems using hybrid particle-mesh methods.
Basilic	(dec. 2006)	Basilic est un serveur de bibliographie pour les équipes de recherche. Il automatise et facilite la diffusion des publications scientifiques sur Internet, en générant automatiquement des pages webs à partir d'une base de données.
DCINPW	(dec. 2006)	Dynamic Canvas for Immersive Non-Photorealistic Walkthroughs
Freestyle	(dec. 2006)	Freestyle est un logiciel permettant de faire du rendu non photoréaliste de scènes 3D à base de lignes.
libQGLViewer	(dec. 2006)	libQGLViewer est une bibliothèque GPL écrite en C++, basée sur openGL et Qt, qui permet de rapidement développer des applications de visualisation 3D.
SciPres	(dec. 2006)	SciPres est un système pour créer des présentations animées.
TiffIO	(dec. 2006)	TiffIO est un plugin qui permet à n'importe quelle application basée sur la bibliothèque Qt de lire/écrire des images au format TIFF dans des QImages.
VRender	(dec. 2006)	VRender permet de faire du rendu vectoriel de données 3D telles qu'elles apparaissent dans une fenêtre OpenGL au format Postscript, XFig (et bientôt SVG).
X3DToolKit	(dec. 2006)	X3DToolKit est une bibliothèque GPL écrite en C++ qui permet de charger, d'afficher et de traiter des scènes 3D au format X3D.

HUMANS	(janv. 2007)	Toolbox pour la simulation des humanoïdes
MODULOPT	(janv. 2007)	librairie d'optimisation
SICONOS	(janv. 2007)	plateforme pour la simulation des systèmes dynamiques non-réguliers
GIVARO	(sept. 2005)	Une bibliothèque générique pour les corps finis et leurs extensions
Simplicial Homology	(oct. 2004)	Un module proposé pour GAP pour le calcul de groupes d'homologies de complexes simpliciaux
FFLAS	(juil. 2004)	Finite Field Linear Algebra Subroutines
LinBox	(août 2002)	Une bibliothèque générique pour l'algèbre linéaire exacte
FRIDAY	(nov. 2000)	Systèmes dynamiques.
DAE	(nov. 1999)	Equations Différentielles Algébriques
EQDL	(nov. 1999)	Systèmes et Equations Différentiels Linéaires
LAMEX	(août 1996)	Systèmes dynamiques

Life	(mars 2009)	une librairie pour la résolution d'équations aux dérivées partielles en 1D,2D et 3D par des méthodes de Galerkin de type h/p.
NAUTil	(mars 2009)	von Neumann Analysis Utilities : routines Maple pour l'automatisation de l'analyse de stabilité linéaire de schémas aux différences finies.
SPASS	(mars 2009)	Signal Processing for ASynchronous Systems : routines Matlab pour le l'échantillonnage non uniforme et le traitement du signal asynchrone.

detectors	(dec. 2006)	A joint comparison of affine covariant regions by LEAR, Oxford, Leuven and Prague (the test setup and the binaries.
IPLD	(dec. 2006)	Interest Point Detectors & Test Sequences
KAS	(dec. 2006)	Groups of adjacent contour segments: sofware for detecting Vitto's local shape features.
Part-Detect	(dec. 2006)	Scale-invariant Shape Features for Recognition of Object Categories
Point detector	(dec. 2006)	an Interest Point Destector Software
Statlearn	(dec. 2006)	Statlearn is a MatLab toolbox for easy manipulation of different classification methods (supervised learning) and multidimensional distributions (unsupervised learning), developed by Guillaume Bouchard.

Dassflow	(janv. 2007)	logiciel de simulation en hydraulique fluviale
AGRIF	(dec. 2006)	Logiciel de raffinement adaptatif de maillages structurés
Rheolef	(dec. 2006)	Environnement de calcul par éléments finis

Matlab Wavelet Denoising Toolbox	(mars 2008)	Un ensemble de procédures (scripts) pour le débruitage de signaux bruités à l'aide de méthodes diverses de décomposition en ondelettes (déterministes et bayésiennes) sont implémentées et discutées.
Mouvement Brownien Fractionnaire et Multifractionnaire	(mars 2008)	Autour des mouvements browniens fractionnaires et multifractionnaires : Plusieurs procédures (scripts) pour simuler une trajectoire discrétisée d'un mouvement brownien fractionnaire ou multifractionnaire et en estimer les param\`etres sont implémentées et/ou discutées en S-plus et/ou Matlab.
LogiFiab	(janv. 2007)	LogiFiab met en oeuvre les principaux modèles probabilistes et tests statistiques pour l'évaluation de la fiabilité des logiciels.
Smoothing Toolbox	(nov. 2005)	Boite a outils Matlab pour le lissage et la regression non parametrique.
Empirical Bayes Thresholding	(nov. 2005)	Selection de seuil pour l'estimateur des ondelettes par Bayes empirique
BLISS	(nov. 2005)	Programme de Séparation Aveugle de Sources
MacSurvival	(dec. 1996)	Implémentation de techniques d'analyse des données censurées. Unique logicile de survie sur Mac incluant des méthodes non paramétriques d'estimation lisse du taux de hasard